基础设施全面加强，各族群众看病就医条件改善。全面完成5个县医院、13个疾病预防控制机构、12个县（市）医院传染科、6个县市妇幼保健院、113个乡镇卫生院及284个村卫生 室改扩建工程，新建州医院门诊外科大楼、州中医院住院大楼，大理卫校、州中医院、州疾病预防控制中心实现整体搬迁，基本建成了覆盖城乡、功能比较完善的疾病预防控制和应急医疗救治体系，应对重大突发事件的能力明显提高，各族群众看病就医条件进一步改善。
重点疾病防治扎实推进，疾病预防控制工作取得显著成效。一是全民参与防治艾滋病格局基本形成，制定实施了一系列防治艾滋病政策，建成防治艾滋病的骨干队伍，全面贯彻国家“四免一关怀”政策，依法全面开展艾滋病防治六项工程，艾滋病的增长势头得到初步遏制。二是血吸虫病防治工作扎实开展，宾川县重新达到血吸虫病传播阻断标准，剑川县已申报重新达到血吸虫病传播阻断标准，全州54个行政村达到血吸虫病传播控制标准，106个行政村达到了传播阻断标准。三是全面推行现代结核病防治策略，治疗和管理病人达7565人，结核病人发现率和治愈率逐年提高。全州传染病发病率控制在全省平均水平内，实现了“无脊髓灰质炎”的目标，继续保持无白喉发病，基本实现了消除碘缺乏病阶段性目标。
医疗保障水平提高，覆盖面逐步扩大。从2003年开始试点，全州新型农村合作医疗制度建设稳步推进，已全面覆盖各县市，参合农民达267.8万人，农民得到的补偿累计达1.7亿元。城镇职工基本医疗保险不断完善，医疗救助规模不断扩大；城镇居民基本医疗保险试点启动，为各族群众看病就医提供了基本保障，居民健康素质不断提高，平均期望寿命增加。
城镇医药卫生体制和农村卫生改革进一步深化。全州县市级以上医疗卫生单位开展了人事制度改革，实行全员聘用合同制和病人选择医生、收费公示及费用清单制，开展了药品收支两条线管理及后勤服务社会化改革。制定并实施了《大理州医疗机构药品集中招标采购管理实施办法》。全州乡镇卫生院完成了体制上划、全员聘用制和分配制度改革，公开选聘了卫生院院长，实施了药品集中招标采购，推行乡村卫生服务管理一体化。建立了城市卫生对口支援农村卫生、巡回医疗、卫生下乡等制度，加强农村卫生人才培养，进一步加大城市支援农村卫生的力度，群众看病难、看病贵的问题有所缓解。
中医药事业蓬勃发展。坚持中西医并重，大力扶持中医药发展。建立健全了中医药网络，已有12个中医（中西医结合）医疗机构，综合医院都设有中医药科室，有75％的乡镇卫生院、57％的村卫生室为群众提供中医药服务。中西医院全部进入国家等级中医院行列，洱源县、鹤庆县成为省级农村中医工作先进县，弥渡县、大理市、宾川县被国家中医药管理局列为全国农村中医工作先进县建设单位。鹤庆县中医院骨伤科、弥渡县中医院心脑血管病科被确定为国家级重点专科建设。通过大力开展中医药适宜技术推广运用培训、中医药学历教育、学科带头人和业务骨干培养，县、乡、村三级中医药人员的业务水平和服务能力不断提高。
