最近几年，新疆认真开展流感、霍乱、伤寒等细菌性肠道传染病防治工作，全区没有发生流感、伤寒、细菌性痢疾大流行。霍乱已经连续7年未出现霍乱流行；在艾滋病防治工作方面，紧紧围绕《艾滋病防治条例》和《自治区遏止与防治艾滋病行动计划（2006-2010）》，全区已经开设22个固定社区药物维持治疗门诊，年治疗保持率在78%。在结核病防治方面，2007年全区以县、市为单位现代结核病控制策略覆盖率继续维持在100%，碘缺乏病防治工作政策上取得了突破性进展，每年预算安排2050万元资金用于此项工作，已经完成全区35个没有达到基本消除碘缺乏病目标县、市重点地区，育龄妇女、孕产妇等高危人群应急补碘工作。
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